Da marinens hovedbase startet flyttingen til Horten i 1818, hørte stedet inn under Borre prestegjeld. I 1852 fikk marinestasjonen sin egen prest og i 1853 startet byggingen av Horten kirke. Kirken var ferdig i 1855, og ble innviet 22. august det samme året.
Arkitekt L.H. Grosch har tegnet kirken. I 1865 ble Horten skilt ut fra Borre som egen menighet, og Kirken har tilhørt Horten kommune siden 1962. Maleren Harald Kihle malte kirkeinteriøret i 1925.
De store glassmaleriene i vinduene bak i koret med motiver fra Jul, Påske, Pinse og Det nye Jerusalem ble montert i 1992, og var en gave til kirken. De opprinnelige glassmaleriene ble ødelagt etter et tysk bombeangrep 9. april 1940.
Døpefonten er av Nordlands- granitt og laget av tukthusfanger fra "Slaveriet" på Akershus festning i Oslo.
Kirkens første orgel (15 stemmer) ble bygd av orgelbygger Brantzæg. I 1914 ble det et 18 stemmers orgel levert av orgelbygger Olsen- Jørgensen. Fasaden fra det første orgelet ble beholdt slik som den er i dag.
I 1958 ble det foretatt en restaurering av orgelet utført av Jørgensen. Instrumentet fikk da nytt spillebord, pedalklaviatur og krakk. Stemmene ble beholdt, bortsett fra to forandringer i pedal og 2. manual.
Kirken har 900 sitteplasser.